Publications

2021:

  • Vershinina, O. , Bacalini, M. G., Zaikin, A. , Franceschi, C. & Ivanchenko, M. (2021). Disentangling age-dependent DNA methylation: deterministic, stochastic, and nonlinear. Scientific Reports, 11, 9201.
  • Garagnani, P., Marquis, J., Delledonne, M., Pirazzini, C., Marasco, E., Kwiatkowska, K. M., … & Franceschi, C. (2021). Whole-genome sequencing analysis of semi-supercentenarians. Elife, 10, e57849.
  • Verma, R. K., Kalyakulina, A., Giuliani, C., Shinde, P., Kachhvah, A. D., Ivanchenko, M., & Jalan, S. (2021). Analysis of human mitochondrial genome co-occurrence networks of Asian population at varying altitudes. Scientific reports, 11(1), 1-16.
  • Pellegrini, C., Pirazzini, C., Sala, C., Sambati, L., Yusipov, I., Kalyakulina, A., … & Bacalini, M. G. (2021). A Meta-Analysis of Brain DNA Methylation Across Sex, Age, and Alzheimer’s Disease Points for Accelerated Epigenetic Aging in Neurodegeneration. Frontiers in Aging Neuroscience, 13, 82.

2020:

  • Cohen, A. A., Kennedy, B. K., Anglas, U., Bronikowski, A. M., Deelen, J., Dufour, F., … & Friguet, B. (2020). Lack of consensus on an aging biology paradigm? A global survey reveals an agreement to disagree, and the need for an interdisciplinary framework. Mechanisms of ageing and development191, 111316.
  • Arosio, B., Monti, D., Mari, D., Passarino, G., Ostan, R., Ferri, E., De Rango, F., Franceschi, C., Cesari, M. & Vitale, G. (2020). Thyroid hormones and frailty in persons experiencing extreme longevity. Experimental Gerontology, 111000.
  • Makovkin, S. Y., Shkerin, I. V., Gordleeva, S. Y., & Ivanchenko, M. V. (2020). Astrocyte-induced intermittent synchronization of neurons in a minimal network. Chaos, Solitons & Fractals138, 109951.
  • Sazzini, M., Abondio, P., Sarno, S., Gnecchi-Ruscone, G. A., Ragno, M., Giuliani, C., De Fanti, S., Ojeda-Granados, C., Boattini, A., Marquis, J. & Valsesia, A. (2020). Genomic history of the Italian population recapitulates key evolutionary dynamics of both Continental and Southern Europeans. BMC biology18(1), 1-19.
  • Martucci, M., Conte, M., Ostan, R., Chiariello, A., Miele, F., Franceschi, C., Salvioli, S., Santoro, A. & Provini, F. (2020). Both objective and paradoxical insomnia elicit a stress response involving mitokine production. Aging12.
  • Conte, M., Martucci, M., Mosconi, G., Chiariello, A., Cappuccilli, M., Totti, V., Santoro, A., Franceschi, C. & Salvioli, S. (2020). GDF15 Plasma Level Is Inversely Associated With Level of Physical Activity and Correlates With Markers of Inflammation and Muscle Weakness. Frontiers in Immunology11, 915.
  • Gensous, N., Ravaioli, F., Pirazzini, C., Gramignoli, R., Ellis, E., Storci, G., Capri, M., Strom, S., Laconi, E., Franceschi, C. & Garagnani, P. (2020). Aging and Caloric Restriction Modulate the DNA Methylation Profile of the Ribosomal RNA Locus in Human and Rat Liver. Nutrients12(2), 277.
  • Gensous, N., Garagnani, P., Santoro, A., Giuliani, C., Ostan, R., Fabbri, C., Milazzo, M., Gentilini, D., di Blasio, A.M., Pietruszka, B. & Madej, D. (2020). One-year Mediterranean diet promotes epigenetic rejuvenation with country-and sex-specific effects: a pilot study from the NU-AGE project. GeroScience, 1-15.
  • Ponti, F., Santoro, A., Mercatelli, D., Gasperini, C., Conte, M., Martucci, M., … & Bazzocchi, A. (2019). Aging and imaging assessment of body composition: from fat to facts. Frontiers in Endocrinology10, 861.
  • Gordleeva, S., Kanakov, O., Ivanchenko, M., Zaikin, A., & Franceschi, C. (2020, October). Brain aging and garbage cleaning. In Seminars in Immunopathology (pp. 1-19). Springer Berlin Heidelberg.
  • Kalyakulina, A., Iannuzzi, V., Sazzini, M., Garagnani, P., Jalan, S., Franceschi, C., Ivanchenko, M., Giuliani, C. Investigating mitonuclear genetic combination through machine learning: a case study on cold adaptation variants in human populations from different European climate regions. Frontiers in Physiology, 11, 1434.
  • Krivonosov, M., Nazarenko, T., Bacalini, M.G., Franceschi, C., Zaikin, A., Ivanchenko, M. (2020) Age-dependent DNA methylation Parenclitic Networks in family-based cohort patients with Down Syndrome, BioRxiv.
  • Yusipov, I., Bacalini, M.G., Kalyakulina, A., Krivonosov, M., Pirazzini, C., Gensous, N., Ravaioli, F., Milazzo, M., Vedunova, M., Fiorito, G., Gagliardi, A., Polidoro, S., Garagnani, P., Ivanchenko, M., Franceschi, C. (2020) Age-related DNA methylation changes are sex-specific: a comprehensive assessment. Aging (Albany NY)12(23), 24057.
  • Whitwell, H. J., Worthington, J., Blyuss, O., Gentry-Maharaj, A., Ryan, A., Gunu, R., … & Timms, J. F. (2020). Improved early detection of ovarian cancer using longitudinal multimarker models. British journal of cancer122(6), 847-856.
  • Whitwell, H., Bacalini, M. G., Blyuss, O., Chen, S., Garagnani, P., Gordleeva, S. Y., … & Zaikin , A. (2020). The human body as a super network: digital methods to analyse propagation of ageing. Frontiers in Aging Neuroscience12, 136.
  • Kalyakulina, A., Yusipov, I., Moskalenko, V., Nikolskiy, A., Kosonogov, K., Osipov, G., Zolotykh, N., Ivanchenko, M. (2020). LUDB: A New Open-Access Validation Tool for Electrocardiogram Delineation Algorithms. IEEE Access, 8, 9214911.
  • Chen S, Zaikin A. Editorial: Multiscale Modeling of Rhythm, Pattern and Information Generation: from Genome to Physiome.Frontiers in Physiology, 11, 281(2020).
  • A. Gentry-Maharaj, O. Blyuss, A. Ryan, M. Burnell, C. Karpinskyj, R. Gunu, J.K. Kalsi, A. Dawnay, I.P. Marino, R. Manchanda, K. Lu, W.W.L. Yang, J.F. Timms, M. Parmar, S.J. Skates, R.C.Jr Bast, I. Jacobs, A. Zaikin, U. Menon, Multi-marker longitudinal algorithms incorporating HE4 and CA125 in ovarian cancer screening of postmenopausal women. Cancers, 12(7) (2020).
  • Калякулина А.И., Юсипов И.И., Иванченко М.В. Статистический анализ данных метилирования для поиска связанных с полом биомаркеров-предикторов возраста. XXIV научная конференция по радиофизике, посвященная 75-летию радиофизического факультета. Нижний Новгород, 13-31 мая 2020 г.
  • Кондакова Е.В., Грачева Е.А., Кривоносов М.И. Разработка критериев определения биологического возраста человека на основе биохимических показателей крови // Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России. Краснодар: 2019. Т.1. С.350
  • Кондакова Е.В., Лопатенко М.В., Вершинина О.С. и др. Гендер-зависимые возраст-обусловленные изменения метилирования некоторых генов// XXI Зимняя молодежная школа по биофизике и молекулярной биологии. 2020. С. 114-115
  • Кондакова Е.В., Лобанова Н.А., Иванченко М.В. и др. Исследование биологического возраста у пациентов с хронической почечной недостаточностью, находящихся на гемодиализе // 73-я всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление». Н. Новгород: Университет Лобачевского. 2020.
  • Kondakova E., Vershinina O., Ivanchenko M. and Vedunova M. Sex-specific age-related changes in methylation of certain genes //  The 45th FEBS Congress FEBS 2020, Ljubljana, Slovenia. 2020.
  • Маковкин С.Ю., Гордлеева С.Ю., Иванченко М.В. СИНХРОНИЗАЦИЯ В МОДЕЛЯХ НЕЙРОН-ГЛИАЛЬНЫХ СЕТЕЙ: ВЛИЯНИЕ ТОПОЛОГИИ И ИНГИБИТОРНЫХ СВЯЗЕЙ С.Ю. Маковкин, С.Ю. Гордлеева, М.В. Иванченко // НЕЛИНЕЙНЫЕ ВОЛНЫ – 2020 XIX научная школа 29 февраля – 6 марта 2020 года, Нижний Новгород. 2020. С. 167-168.
  • Маковкин С.Ю., Гордлеева С.Ю., Иванченко М.В. Астроцитарно-индуцированная перемежающаяся синхронизация нейронов в малых ансамблях С.Ю. Маковкин, С. Ю. Гордлеева, М.И. Иванченко // XXIV конференция по радиофизике, посвященная 75-летию радиофизического факультета.  2020. С. 1-4.
  • Makovkin S.Yu., Gordleeva S.Yu., Ivanchenko M.V. Astrocyte-induced intermittent synchronization of neurons // Dynamics of Complex Networks and their Application in Intellectual Robotics: Collection of materials of the IV International School-Conference of Young Scientists, 2020. P. 84-86.
  • Маковкин С.Ю., Гордлеева С.Ю., Иванченко М.В. АСТРОЦИТАРНО-ИНДУЦИРОВАННАЯ ПЕРЕМЕЖАЮЩАЯСЯ СИНХРОНИЗАЦИЯ НЕЙРОНОВ В МАЛЫХ АНСАМБЛЯХ // Математическое моделирование и суперкомпьютерные технологии. Труды XX Международной конференции (Н. Новгород, 23–27 ноября 2020 г.) С. 247.
  • Вершинина О.С., Иванченко М.В., Франчески К. Механизмы возрастной зависимости неоднородности метилирования ДНК: динамика или стохастичность? // Биосистемы: организация, поведение, управление: тезисы докладов 73-й Всероссийской с международным участием школы-конференции молодых ученых (28–30 октября 2020 г., Нижний Новгород, Университет Лобачевского), с. 33.
  • А. И. Калякулина, И. И. Юсипов, М. В. Иванченко, К. Франчески. Изучение связанных с полом изменений уровня метилирования, зависящих от возраста. «Биосистемы: организация, поведение, управление»: 73-я Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых. Нижний Новгород, 28–30 октября 2020 г.
  • М. И. Кривоносов, Т. В. Назаренко, М. Дж. Бакалини, К. Франчески, А. А. Заикин, М. В. Иванченко. Выделение эпигенетических маркеров старения на основе паренклитических сетей метилирования пациентов с синдромом Дауна. «Биосистемы: организация, поведение, управление»: 73-я Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых. Нижний Новгород, 28–30 октября 2020 г.
  • Krivonosov M.I., Nazarenko T.V., Bacalini M.G., Zaikin A., Ivanchenko M.V., Franceschi C. Network markers of DNA methylation in neurodegenerative diseases // Dynamics of Complex Networks and their Application in Intellectual Robotics: Collection of materials of the IV International School-Conference of Young Scientists, 2020. P. 84-86.

2019:

  • Conte, M., Conte, G., Martucci, M., Monti, D., Casarosa, L., Serra, A., … & Salvioli, S. (2019). The smell of longevity: a combination of Volatile Organic Compounds (VOCs) can discriminate centenarians and their offspring from age-matched subjects and young controls. GeroScience, 1-16.
  • Furman, D., Campisi, J., Verdin, E., Carrera-Bastos, P., Targ, S., Franceschi, C., … & Miller, A. H. (2019). Chronic inflammation in the etiology of disease across the life span. Nature medicine25(12), 1822-1832.
  • Lehallier, B., Gate, D., Schaum, N., Nanasi, T., Lee, S. E., Yousef, H., … & Sathyan, S. (2019). Undulating changes in human plasma proteome profiles across the lifespan. Nature Medicine25(12), 1843-1850.
  • Franceschi, C., Ostan, R., Mariotti, S., Monti, D., & Vitale, G. (2019). The Aging Thyroid: A Reappraisal Within the Geroscience Integrated Perspective. Endocrine reviews.
  • Franceschi, C., Garagnani, P., Gensous, N., Bacalini, M. G., Conte, M., & Salvioli, S. (2019). Accelerated bio‐cognitive aging in Down syndrome: State of the art and possible deceleration strategies. Aging cell18(3), e12903.
  • Shinde, P., Marrec, L., Rai, A., Yadav, A., Kumar, R., Ivanchenko, M., … & Jalan, S. (2019). Symmetry in cancer networks identified: Proposal for multicancer biomarkers. Network Science7(4), 541-555.
  • Koblents, E., Mariño, I. P., & Míguez, J. (2019). Bayesian computation methods for inference in stochastic kinetic models. Complexity2019.
  • Kachhvah, A. D., & Jalan, S. (2019). Delay regulated explosive synchronization in multiplex networks. New Journal of Physics21(1), 015006.
  • Meyerov, I., Sysoyev, A., Pirova, A., Shestakova, N., & Ivanchenko, M. (2019). Bridging the Gap Between Applications and Supercomputing: A New Master’s Program in Computational Science. In Russian Supercomputing Days (pp. 529-541). Springer, Cham.
  • Blyuss, O., Zaikin, A., Cherepanova, V., Munblit, D., Kiseleva, E. M., Prytomanova, O. M., … & Crnogorac-Jurcevic, T. (2019). Development of PancRISK, a urine biomarker-based risk score for stratified screening of pancreatic cancer patients. British Journal of Cancer, 1-5.
  • Jalan, S., Rathore, V., Kachhvah, A. D., & Yadav, A. (2019). Inhibition-induced explosive synchronization in multiplex networks. Physical Review E99(6), 062305.
  • Morsiani, C., Bacalini, M. G., Santoro, A., Garagnani, P., Collura, S., D’Errico, A., … & Capri, M. (2019). The peculiar aging of human liver: A geroscience perspective within transplant context. Ageing research reviews.
  • Abrego, L., & Zaikin, A. (2019). Integrated Information as a Measure of Cognitive Processes in Coupled Genetic Repressilators. Entropy21(4), 382.
  • Jalan, S., Kumar, A., & Leyva, I. (2019). Explosive synchronization in frequency displaced multiplex networks. Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science29(4), 041102.
  • Gordleeva, S. Y., Lotareva, Y. A., Krivonosov, M. I., Zaikin, A. A., Ivanchenko, M. V., & Gorban, A. N. (2019). Astrocytes Organize Associative Memory. In International Conference on Neuroinformatics (pp. 384-391). Springer, Cham.
  • Capri, M., Morsiani, C., Santoro, A., Moriggi, M., Conte, M., Martucci, M., … & Flück, M. (2019). Recovery from 6-month spaceflight at the International Space Station: muscle-related stress into a proinflammatory setting. The FASEB Journal, fj-201801625R.
  • Калякулина, А.И., Юсипов, И.И., Иванченко, М.В., Франчески, К. (2019) Применение дисперсионного анализа для поиска биомаркеров-предикторов возраста, связанных с полом. «Биосистемы: организация, поведение, управление» 72-я Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых. Тезисы докладов. С. 103.
  • Юсипов, И.И., Калякулина, А.И., Иванченко, М.В., Франчески, К. (2019) Применение связанных с полом эпигенетических часов для предсказания биологического возраста человека. «Биосистемы: организация, поведение, управление» 72-я Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых. Тезисы докладов. С. 258.
  • Кривоносов, М.И., Иванченко, М.В., Франчески, К. (2019) Использование паренклетических сетей для выделения генов и CpG сайтов, ассоциированных с синдромом Дауна. «Биосистемы: организация, поведение, управление» 72-я Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых. Тезисы докладов. С. 122.
  • Вершинина, О.С., Иванченко, М.В., Франчески, К. (2019) Классификация возрастных групп и определение генов-биомаркеров старения по данным метилирования ДНК. «Биосистемы: организация, поведение, управление» 72-я Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых. Тезисы докладов. С. 57.
  • Kalyakulina, A., Yusipov, I., Vershinina, O., Ivanchenko, M., Franceschi, C. (2019) Nonlinearity and stochasticity of age-related sex-specific methylation changes. PhysCon2019 – The 9th International Scientific Conference on Physics and Control. Conference Proceedings. P. 128-130.
  • Krivonosov, M.I., Ivanchenko, M.V., Jalan, S., Bacalini, M.G., Franceschi, C. (2019) Parenclitic analysis of high-dimensionality DNA methylation data. PhysCon2019 – The 9th International Scientific Conference on Physics and Control. Conference Proceedings. P. 164.
  • Nazarenko, T., Krivonosov, M.I., Zaikin, A.A. (2019) Analysis of longitudinal high-dimensional medical data with parenclitic networks. PhysCon2019 – The 9th International Scientific Conference on Physics and Control. Conference Proceedings. P. 192.
  • Ivanchenko, M.V., Krivonosov, M.I., Jalan, S., Bacalini, M.G., Franceschi, C. (2019) Down syndrome: footprint in parenclitic networks of DNA methylation. PhysCon2019 – The 9th International Scientific Conference on Physics and Control. Conference Proceedings. P. 121.
  • Gordleeva, S., Kanakov, O., Zaikin, A. (2019) Garbage induced model of inflammaging propagation. PhysCon2019 – The 9th International Scientific Conference on Physics and Control. Conference Proceedings. P. 104-106.
  • Makovkin, S., Ivanchenko, M., Zaikin, A., Jalan, S. (2019) Investigating multiplex models of neuron-glial systems: small-world topology and inhibitory coupling. PhysCon2019 – The 9th International Scientific Conference on Physics and Control. Conference Proceedings. P. 184-186.
  • Ivanchenko, M.V., Franceschi, C. (2019) DNA methylation in aging: a complex system. PhysCon2019 – The 9th International Scientific Conference on Physics and Control.
  • Franceschi, C. (2019) Systems biology of ageing: dynamics, nonlinearity, and stochasticity. PhysCon2019 – The 9th International Scientific Conference on Physics and Control.
  • Ivanchenko, M.V., Vershinina, O.S., Franceschi, C. (2019) Nonlinearity and stochasticity in age-related DNA methylation changes. International symposium «Biology of Aging: Understanding aging to better intervene» Monreal, Canada.
  • Shkerin, I. V., Makovkin, S. Yu., Ivanchenko, M. V., Gordleeva, S. Yu. (2019) Synchronization in a minimal neuron-astrocyte network. Second International Conference. Topological Methods in Dynamics and Related Topics. Shilnikov Workshop. Book of Abstracts.
  • Калякулина, А.И., Юсипов, И.И. Программа для ЭВМ «Гендерно-специфичный анализ данных метилирования». Свидетельство №2019619998 от 29.07.2019.
  • Канаков, О.И., Сутягин, А.А. Программа для ЭВМ «Программа для моделирования обучения коллективного классификатора на основе конкуренции с сосуществованием (CollectiveLearnCoexist)». Свидетельство №2019667420 от 23.12.2019.

2018:

  • Vázquez, M. A., Mariño, I. P., Blyuss, O., Ryan, A., Gentry-Maharaj, A., Kalsi, J., … & Zaikin, A. (2018). A quantitative performance study of two automatic methods for the diagnosis of ovarian cancer. Biomedical Signal Processing and Control46, 86-93.
  • Franceschi, C., Ostan, R., & Santoro, A. (2018). Nutrition and inflammation: are centenarians similar to individuals on calorie-restricted diets?. Annual review of nutrition38, 329-356.
  • Franceschi, C., Zaikin, A., Gordleeva, S., Ivanchenko, M., Bonifazi, F., Storci, G., & Bonafè, M. (2018). Inflammaging 2018: An update and a model. In Seminars in immunology (Vol. 40, pp. 1-5).
  • Lacasa, L., Mariño, I. P., Miguez, J., Nicosia, V., Roldán, É., Lisica, A., … & Gómez-Gardeñes, J. (2018). Multiplex decomposition of non-Markovian dynamics and the hidden layer reconstruction problem. Physical Review X8(3), 031038.
  • Pérez-Vieites, S., Mariño, I. P., & Míguez, J. (2018). Probabilistic scheme for joint parameter estimation and state prediction in complex dynamical systems. Physical Review E98(6), 063305.
  • Sarkar, C., & Jalan, S. (2018). Spectral properties of complex networks. Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science28(10), 102101.
  • Nené, N. R., Rivington, J., & Zaikin, A. (2018). Sensitivity of asymmetric rate-dependent critical systems to initial conditions: Insights into cellular decision making. Physical Review E98(2), 022317.
  • Giuliani, C., Garagnani, P., & Franceschi, C. (2018). Genetics of human longevity within an eco-evolutionary nature-nurture framework. Circulation research123(7), 745-772.

Comments are closed.